Z prostriedkov OP VaV ASFEÚ (teraz VA) boli na SPU vybudované nasledovné centrá excelencie:
- ECOVA - Excelentné centrum ochrany a využívania agrobiodiverzity
- ECOVA PLUS - Excelentné centrum ochrany a využívania agrobiodiverzity Plus
- Experimentálne centrum hospodárskych zvierat
- Centrum excelentnosti pre integrovaný manažment povodí v meniacich sa podmienkach prostredia (CEIMP)
- Centrum excelentnosti pre bielo-zelenú biotechnológiu
- Laboratórium spotrebiteľských štúdií na FEM SPU v Nitre
- Jean Monnet Centrum Excelentnosti „EU Land Policy - the Pathway Towards Sustainable Europe“
- Jean Monnet Centrum excelentnosti pre európsky agropotravinársky reťazec (CEEAG)
Na základe 2. výzvy na predkladanie návrhov na identifikáciu špičkových vedeckých tímov vysokých škôl na Slovensku boli za Slovenskú poľnohospodársku univerzitu v Nitre identifikované 2 tímy, spĺňajúce kritériá výzvy. Špičkové tímy boli schválené pre oblasť výskumu 19. poľnohospodárske a lesnícke vedy.
Centrum reprodukcie živočíchov (CeRA), Fakulta biotechnológie a potravinárstva SPU v Nitre
Vedúci tímu:
prof. Ing. Peter Chrenek, DrSc.
prof. Ing. Adriana Kolesárová, PhD.
Členovia tímu:
prof. Ing. Norbert Lukáč, PhD.
prof. MVDr. Peter Massányi, DrSc.
Ing. Eva Tvrdá, PhD.
Produkčná fyziológia plodín (ProPhyCrop), Fakulta Agrobiológie a potravinových zdrojov SPU v Nitre
Vedúci tímu:
prof. Ing. Marián Brestič, CSc.
Členovia tímu:
doc. Ing. Katarína Olšovská, PhD.
doc. Ing. Marek Živčák, PhD.
prof. Ing. Katarína Ražná (Hrubíková), PhD.