Fakulty Slovenskej poľnohospodárskej univerzity (SPU) v Nitre poskytujú v súčasnosti vysokoškolské vzdelávanie v 18 odboroch bakalárskeho štúdia, v 26 odboroch inžinierskeho štúdia, ktoré sa vo viacerých odboroch členia na študijné špecializácie a napokon v 14 vedných odboroch doktorandského štúdia.

  Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov
Fakulta pripravuje odborníkov v oblasti tvorby, využitia, ochrany a zhodnocovania potravinových zdrojov rastlinného a živočíšneho pôvodu prostredníctvom rozvíjania a uplatňovania biologických, ekologických, technických a ekonomických princípov funkčnosti a poznatkov o trvalo udržateľných agroekosystémoch. Vedecké poznatky využíva v regulácii poľnohospodárskych systémov a podsystémov, technologických procesov v rastlinnej i živočíšnej produkcii, kvality produkcie, v ochrane biodiverzity, životného prostredia, ako aj rozvoji biologickej bezpečnosti a vedeckej výživy ľudí

  Fakulta biotechnológie a potravinárstva
Hlavným poslaním fakulty je príprava kvalifikovaných, vysokoškolsky vzdelaných odborníkov orientovaných na poznanie a zvládnutie najnovších poznatkov biologických vied zameraných na moderné postupy výroby, hodnotenia a spracovania potravín a špecifických produktov biotechnológii. Z hľadiska cielenej, efektívnej a kompatibilnej vedeckovýskumnej činnosti sa fakulta orientuje na oblasť aktuálnych programov genomiky, moderných biotechnológií, kvality a bezpečnosti potravín.

  Fakulta ekonomiky a manažmentu
Poslaním fakulty je vychovávať absolventov s prierezovým vzdelaním, ktorí budú dobre jazykovo pripravení, budú ovládať podnikovú ekonomiku, manažment podnikov a územných celkov, marketingové prístupy v podnikateľskej činnosti, bankový systém a finančný trh, medzinárodnú obchodnú politiku, financie, právo a informačné systémy.

  Mechanizačná fakulta
Fakulta sa presadzuje v konkurenčnom univerzitnom prostredí ako vzdelávacia inštitúcia pripravujúca odborne zdatných prevádzkových inžinierov technického zamerania pre potreby agrokomplexu v súlade s jeho potrebami racionálneho využívania výrobných zariadení a celých automatizovaných výrobných liniek.

  Fakulta záhradníctva a krajinného inžinierstva
Fakulta sa prioritne sústreďuje na vzdelávanie odborníkov orientovaných na záhradnícku výrobu, ovocinárstvo, vinohradníctvo, zeleninárstvo a kvetinárstvo, navrhovanie záhradných a parkových úprav, obnovu a údržbu zelene, na plánovanie a tvorbu krajiny, ochranu pôdy, vôd a ovzdušia, odpadové hospodárstvo, výstavbu a obnovu vidieka.

  Fakulta európskych štúdií a regionálneho rozvoja
Novozriadená fakulta univerzity prijme prvých študentov v akademickom roku 2004/2005. Cieľom je príprava odborníkov pre európske integračné procesy Slovenska, pre jeho regionálny, socio-ekonomický a enviromentálny rozvoj. Študijné programy sú kompatibilné s európskym štandardom. Fakulta má reálnu časť, poskytujúcu vzdelávanie v prezenčných formách štúdia na SPU v Nitre a virtuálnu časť, koncipovanú, ako spoločné pracovisko univerzít V-4, Rakúska, Holandska, Írska, Estónska a Ruskej federácie.

Do pôsobnosti SPU okrem fakúlt patria celouniverzitné pracoviská, ktoré realizujú rôzne podporné služby, ako aj ďalšie informačné služby potrebné pre plnú funkčnosť univerzity.